Hola Jesús,
Si estás hablando de diseñar la pregunta (escribirla como profesor):
1) El editor HTML de Moodle incorpora un botón que, supongo utilizaste en tu post,
para colocar subíndices (es una X con un 2 en subíndice).
2) Me parece buena sugerencia lo que indicó Antonio de usar el filtro Tex, sobre todo
si vas a hacer un uso intenso de fórmulas.
3) También puedes usar HTML directo, presionando el botón <> del editor HTML
y colocando algo como:
X
2
Esto da como resultado:
X
2
Si estás hablando de que un alumno que contesta el cuestionario incluya
el subíndice, pues va a estar algo difícil, ya que si no le haces una pregunta en la
que pueda usar el editor HTML, no podrá colocar nada.
Saludos